Vaikka monet organisaatiot tunnistavat EU:n palkka-avoimuusdirektiivin tavoitteet ja hyödyt, sen käyttöönottoon liittyy myös epävarmuutta.
Yksi yleisimmistä huolista liittyy siihen, että palkkojen avoimuus voi paljastaa aiempia epäjohdonmukaisuuksia. Tämä voi herättää keskustelua työntekijöiden keskuudessa ja lisätä painetta selittää aikaisempia palkkapäätöksiä. Samalla organisaatiot pohtivat, voiko avoimuus vaikuttaa työnantajamielikuvaan, jos selittämättömiä palkkaeroja tai vanhentuneita käytänteitä tulee julki.
Käytännön tasolla huolta herättävät myös mahdolliset kustannusvaikutukset. Jos palkkoja joudutaan korjaamaan, se voi lisätä lyhyen aikavälin kuluja. Lisäksi monille organisaatioille ei ole vielä täysin selvää, miten vaatimukset tulisi toteuttaa käytännössä, mikä lisää epävarmuutta ja hidastaa valmistautumista.
Suurin osa huolista johtuu epäselvyyksistä käytännön toteutuksessa, minkä vuoksi organisaatioiden on vaikea hahmottaa, mistä aloittaa ja miten muutoksesta viestitään tehokkaasti.